储存
维生素B6在血流中可扩散到肌肉中而磷酸化，若PN剂量增加，肌肉中PN占剂量的百分数增加，而PNP的百分数减少。在肌肉中未发现PNP氧化到PLP。在大鼠60%维生素B6在肌肉中，其中75%～95%与糖原磷酸化酶（Glycogenphosphorylase）相联系。此酶占肌肉可溶性蛋白之5%，可能为维生素B6的储存场所。通过肌肉蛋白的转换，将维生素B6分解出来以满足最低需要量。
排出
维生素B6的主要代谢产物PA，可代表维生素B6摄取入量的20%～40%，尿中PA只可为摄入量的指标。而不能代表体内的储存。尿中除PA外，尚有小量的PN、PL等。给以生理剂量时，在3h内大部分以PA排出。PN在肾小管中积累，当PN浓度较大时，可由肾排出。因此PN剂量10mg时，尿中PA占剂量的百分数减低，但PN的排出增多。PL不易被肾排除，也不易被肾纳入，纳入后以磷酸化形式积累。但人口服大剂量（100mg）PL、PM、PN后，在36h内大部分原物从尿中排出。
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