维生素B6的三种形式均为白色晶体，易溶于水和乙醇，微溶于有机溶剂，无臭。
维生素B6在食品加工中可发生热降解和光化学降解，也可能与蛋白质发生不可逆结合，从而降低其生物活性。维生素B6的三种形式都具有热稳定性，其热降解与pH值有关，在酸性溶液中所有维生素B6都是稳定的，在碱性溶液中容易发生分解，其中吡哆胺损失最大。
维生素B6对光敏感，尤其是紫外线，光降解的最终产物是无生物活性的4-吡哆酸。维生素B6可与蛋白质中的含硫氨基酸(如半胱氨酸)发生加成反应生成无生物活性的含硫衍生物，或与其他氨基酸作用生成Schiff碱，在酸性条件下这些Schiff碱会进一步解离或是发生重排生成环状化合物。此外，维生素B6也可与自由基反应而生成无活性产物，如维生素C降解产生的羟自由基可以直接进攻吡啶环的C6位，生成无生物活性的6-羟基衍生物。
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