通常情况下，淀粉类物质为柠檬酸的主要来源。首先将淀粉质的原料粉碎，然后给粉碎的原料加入适量的水并搅拌，将拌合料进行发酵，发酵之后通过过滤得到滤液，在滤液中加入碳酸钙发生中和反应，过滤出柠檬酸钙，使用硫酸对柠檬酸钙进行酸解并过滤，对滤液进行离子交换脱色，之后浓缩、结晶，再干燥就得到了白色粉末状的柠檬酸。
柠檬酸生产废物主要来自发酵和提取工序中产生的废中和液、浓糖水、洗糖水、洗罐水和洗滤布水，洗罐水的浓度最高，但相对于浓糖水，其水量较小，浓糖水的水量最大，且浓度较高，剩余各项废水的浓度以及水量都较低。
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