1.一般治疗
对有低氧血症和呼吸功能不全者，氧气治疗和辅助通气治疗是重要措施。以持续低流量吸氧为好。在病原治疗开始后的72小时内，应用肾上腺皮质激素，可改善肺功能，降低病死率。
2.病原治疗
如在呼吸衰竭前进行抗孢子虫治疗，可大大降低病死率。
（1）磺胺甲恶唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲恶唑）是优选的抗肺囊虫药。
（2）喷他脒主要用于磺胺甲恶唑/甲氧苄啶（SMZ/TMP）治疗无效或对磺胺药过敏者。可有心、肾、肝损害，骨髓抑制，低血糖等毒副反应。
（3）其他可选用阿扎伐醌（atovaquone）氨苯砜（DDS）、α-二氟甲基鸟氨酸（DFMO）乙胺嘧啶加磺胺多辛、伯氨喹加克林霉素等药。
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