主要是标本涂片染色显微镜检查。
显微镜检查可从患者鼻粘膜或皮损处取材，用抗酸性染色后检查。一般瘤型和界线类患者标本中可找到细菌在细胞内存在，有诊断意义。结核样型患者中很少找到细菌。欲提高检查的阳性率，也可以用金胺染色后以荧光显微镜检查。
麻风菌素试验(lepromin test)对诊断没有重要意义，因与结核菌有交叉反应，但可用于麻风的分型和了解预后。方法是应用麻风结节经生理盐水提取制成麻风菌素(lepromin)作皮肤试验，取0.1 ml注射于前臂皮内。反应有两种：一种为早期反应，出现于注射后3～4d，红肿直径5mm以上者为阳性，表明患者对麻风菌素敏感； 另一种为后期反应，出现于3～4周，表明患者对麻风有免疫。
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