一、有利于多种肝病的鉴别诊断
许多临床诊断比较困难的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝结核、肝肉芽肿、血吸虫病、肝肿瘤、脂肪肝、肝脓肿、原发性胆汁性肝硬变及各种代谢性肝病(肝豆状核变性、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性)等，往往需要通过肝穿刺来了解病人的肝脏病变，为明确诊断提供重要的甚至可能是决定性的依据。
二、了解肝脏病变的程度和活动性
肝穿刺活组织检查是一种能直接了解肝组织的病理变化，并可以做出较客观、精确诊断的检查方法。有不少慢性乙型肝炎患者，感染肝病病毒时间很长，但抽血化验发现转氨酶异常可能仅有半年时间，肝病病毒含量水平也不高。这样的病人通过肝穿刺能发现慢性肝病是否处于活动期，并能推断其病变的轻重程度。
三、提供各型病毒性肝炎的病原学诊断
依据大部分肝炎病毒是嗜肝病毒，它们往往多在肝组织中寄生。只有血清肝病病毒达到一定量时，临床化验才能够检测得到。所以仍有一些病毒性肝炎，临床化验显示血清肝病病毒标志物全部是阴性，难以确定其病原。但是，通过肝穿刺，用超敏感免疫组织化学和原位分子杂交技术，可检测出寄生在肝组织中的肝炎病毒。
四、发现早期、静止或尚在代偿期的肝硬化
特别是肝纤维化，在发病早期，通过血液化验、B超检查一般难以发现。但是通过肝脏穿刺检查，可以对肝脏纤维化和早期、静止或尚在代偿期的肝硬化进行精确诊断，并能够鉴别肝硬化临床类型，区分是酒精性肝硬化，还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。例如，一些诊断为慢性无症状肝病病毒携带者的患者，通过肝脏穿刺检查，可发现是活动性肝硬化或慢性活动性肝炎。
五、鉴别黄疸的性质和原因
临床上黄疸往往难以确定病因，可做肝活检。它可以确定黄疸是胆红素代谢障碍，或是肝细胞性黄疸，还是胆汁淤积所致，是病毒性还是药物引起。不同的病因，预后和治疗是完全不同的，只有诊断清楚，才能制定正确的诊疗方案。
六、作为慢性肝炎病情、预后的评判指标
肝穿刺帮从细胞分子水平发现肝组织的病变，填补了慢性肝炎与早期早硬化之间漫长病程而缺乏有效检查评价手段的空白，无论超声、CT、MAR对早期肝硬化的诊断都显得力不从心，肝活检病理诊断却很明白的从细胞分子水平判断肝脏的炎症、纤维化、早期肝硬化的状况，为病情变化、预后的判断提供客观依据。重型肝炎如以肝细胞水肿为主，则病情较轻，预后较好，病死率较低；如以肝细胞坏死为主，且正常肝细胞残存率较低，则病情严重，预后较差，病死率高。
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