淫肠综合症因所感染的病原微生物不同，所以临床症状也不完全相同。最常见的沙门氏菌感染，病情较重，并且多对抗生素耐药。此菌通过不洁性交由直肠粘膜或口腔粘膜浸入消化道后，一般经过6-72小时的潜伏期，常突然出现腹痛、腹泻、水样便，也可有脓血便和恶心呕吐及发热症状。其二，另外一种引起本综合症的弯曲杆菌，对人体有直接侵袭力，并能释放毒素，可以侵犯回肠和盲肠，引起肠粘膜充血、水肿、坏死，常使受感染者出现发热恶心、头痛、肌肉痛、背痛、腹痛、腹泻及血样便。其三，志贺氏菌发生的感染，常经过1-3天的潜伏期，病情急性发作，腹泻先是水样便，以后可转为粘液脓血便，还常伴有发热、恶心、呕吐、腹绞痛、里急后重症状，有些还可引起脱水和电解质紊乱，甚至危及生命。
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