随着抗生素、激素及免疫抑制剂的广泛应用，使人体寄生菌与宿主之间的关系发生了变化院内感染率明显增加。由于肺部感染的致病菌与患者口咽部寄居的菌群密切相关，所以卡他莫拉菌可在条件适宜时致病。慢性阻塞性肺病患者久病体弱，长期应用广谱抗生素和激素，呼吸道防御功能及机体免疫力降低，使细菌进入下呼吸道而引起感染。人体的卡他莫拉菌带菌率与年龄有关，健康成人上呼吸道带菌率为1%～5%，有慢性肺部疾病者痰培养卡他莫拉菌阳性率高于健康成人。婴儿在鼻咽部常有卡他莫拉菌定植，冬季在病毒感染的基础上更易有卡他莫拉菌定植。婴儿鼻咽部卡他莫拉菌定植率因不同地区而有较大的差别，如在纽约为66%，而在澳大利亚的Darwin郊区则高达100%。此差异可能与环境卫生条件、人种基因的不同、宿主因素等有关鼻咽部的卡他莫拉菌可导致儿童反复发生中耳炎。应用分子流行病学包括基因组限制性酶切分析（REA）脉冲场凝胶电泳等方法研究发现，婴儿及患有慢性肺部疾病的成人，呼吸道卡他莫拉菌呈动态性变化，即原有的卡他莫拉菌不断被清除而新的卡他莫拉菌又会出现，表明免疫反应使得人体可以识别并清除卡他莫拉菌。卡他莫拉菌院内感染可通过呼吸道传播，有证据表明卡他莫拉菌在痰液中可生存3星期以上，所以呼吸病房尤易造成人与人间的传播。