1953年，瑞典化学家Edman采用异硫氰酸苯酯法测定蛋白质的N端序列，为氨基酸自动测序奠定了基础。
1967年，Edman和Begg根据异硫氰酸苯酯法测定原理设计了第一台蛋白质自动测序仪（旋转杯蛋白质测序仪），为蛋白质自动测序以及蛋白质自动测序仪的商品化生产提供了理论支持和样机。
1971年，美国波士顿大学 Laursen博士首先设计出固相蛋白质测序仪。
1981年，R.M. Hewick等人研制了气相蛋白质测序仪（气液固相测序仪）。
1986年，美因应用生物系统公司(AB1)出了脉冲式液相蛋白质测序仪。
20世纪80年代发展起来的质谱技术与蛋白质测序仪联用已经成为对小量肽和蛋白质进行测序的有效工具。
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