阴性选择（negative selection）是指经过阳性选择的SP细胞在皮质髓质交界处及髓质区，与胸腺树突状细胞，巨噬细胞等表面的自身pMHC -Ⅰ或MHC-Ⅱ类分子—自身抗原肽复合物相互作用，高亲和力结合的SP细胞（即自身反应性T细胞）发生凋亡，少部分分化为调节性T细胞；而不能结合的SP细胞（阴性）存活成为成熟T细胞并进入外周免疫器官。以保证进入外周淋巴器官的T细胞库中不含有针对自身的T细胞。
此过程是T细胞获得中枢免疫耐受的重要机制。只有那些未曾与胸腺树突状细胞、巨噬细胞表面/自身肽发生结合的SP细胞，才能继续发育分化为成熟的具有免疫功能的CD4+/CD8+T细胞。
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