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阴性选择是经过阳性选择的SP细胞在皮质髓质交界处及髓质区，与胸腺树突状细胞、巨噬细胞等表面的自身抗原－MHCⅠ类分子复合物或自身抗原肽－MHCⅡ类分子复合物相互作用。高亲和力结合的SP细胞发生凋亡，少部分分化为调节性T细胞；
而不能结合的SP细胞存活成为成熟T细胞并进入外周免疫器官。
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