微生物种类繁多，至少有十万种以上。按其结构、化学组成及生活习性等差异可分成三大类。
一、真核细胞型微生物 细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体；胞质内有完整的细胞器（如内质网、核糖体及线粒体等）。真菌属于此类型微生物。
二、原核细胞型微生物 细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁；细胞器不很完善。这类微生物种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌。
三、非细胞型微生物 没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖。病毒属于此类型微生物。
微生物的另一种分类是非致病微生物和致病性微生物
致病微生物是指能引起动物植物的某些疾病的微生物，占少类，比如流感病毒可以起人类、禽类的流感。另外有的一部分是条件致病菌。
较大多数属于非致病性甚至有益性微生物，广泛存在自然界、人体皮肤粘膜表面等。
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