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β-淀粉酶活性中心含有巯基(-SH)，因此，一些氧化剂、重金属离子以及巯基试剂均可使其失活，而还原性的谷胱甘肽、半胱氨酸对其有保护作用。
β-淀粉酶和α-淀粉酶的最适pH值范围基本相同，一般均在5.0~6.5左右，但β-淀粉酶的稳定性明显低于α-淀粉酶，70℃以上一般均会失活。不同来源的β-淀粉酶稳定性也有较大差异，大豆β-淀粉酶最适作用温度为60℃左右，大麦β-淀粉酶最适作用温度为50~55℃，而细菌β-淀粉酶最适作用温度一般低于50℃。
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