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标志酶指细胞中某细胞器或亚细胞结构所特有的酶，根据此酶的特异反应，可以对亚细胞结构进行定位或定性。如：
细胞结构
标志酶
主要作用
内质网
葡萄糖-6-磷酸酶
-
溶酶体
酸性磷酸酶
过氧化物酶体
过氧化氢酶
将过氧化氢水解
线粒体外膜
单胺氧化酶
线粒体内膜
细胞色素氧化酶
线粒体膜间腔
腺苷酸激酶
质膜
5'-核苷酸酶
乙醛酸循环体
异柠檬酸裂解酶
叶绿体基质
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶
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