肽分布广泛，目前从动、植物和微生物中分离的生物活性肽达几百种之多，但尚且没有较为一致的分类方法。
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按照分子量大小分为：
小肽：又叫小分子肽，是指仅由2～4个氨基酸构成的高活性肽；
寡肽：2-10个氨基酸组成的肽，分子量一般在1000道尔顿以下；
多肽：10-50个氨基酸组成的肽；
蛋白质：一般指51以上个氨基酸组成的肽。
02按分泌部位可分为：
内源性生物活性肽，即人机体内存在的天然生物活性肽，其特点是含量极少而效应极强，分布广泛，目前已发现的就有成百上千种；
外源性生物活性肽，广泛存在于动、植物和微生物体内的天然生物活性肽和蛋白质降解后产生的生物活性肽成分。又称为食源性肽，可发挥与内源性活性肽相同的功能。
03按功能可分为：
生理活性肽，如抗菌肽、激素调节肽、神经活性肽、酶调节剂和抑制剂、免疫活性肽、矿物元素结合肽等；
食品感官肽，包括味觉肽(酸味肽、咸味肽、甜味肽等）、增强食品风味的肽等。
04按原料来源可分为：
陆地生物活性肽，从陆地动物蛋白质中获得的生物活性肽，如牛骨肽、骨髓肽、胶原蛋白肽、驴皮肽（阿胶肽）等，从陆地植物蛋白质中获得的生物活性肽，如大豆肽、苦瓜肽、大米肽、人参肽、芝麻肽、核桃肽等；
海洋生物活性肽，从海洋动物蛋白质中获得的生物活性肽，主要有海参肽、鳕鱼肽、海蛎肽等。
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