在药物分子中大都会有非极性部分，即只由碳氢原子组成的部分，在受体分子中含有非极性氨基酸残基，如苯丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸，这些氨基酸残基的侧链在形成蛋白质的立体结构时，可能遇到一起形成活性部位的非极性区，称为疏水袋（hy-drophobic pocket）。
在体内，药物的非极性部分和受体的非极性区的表面均为有序排列的水分子所包围。当药物与受体接近到一定程度时，由于中间空间的缩小，将有序排列的水分子排挤出去。发生去水合现象（desolvation），这样便使系统的熵值增高，由此使系统的自由能降低，而成为较稳定的状态。这种自由能的降低是维持药物与受体形成复合物的力，称之为疏水性结合（hydrophobic binding）。
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