常用晶体有 LiF、PET（用于检测 Si、Al）、Ge（用于检测P）、NaCl 、TAP （用于检测 Mg 、Na 、F），其中 TAP、PET、NaCl 等都是耐潮能力差的晶体，容易损坏，特别是 NaCl 容易潮解。TAP、PET的使用寿命一般为 5~6 年，因为太硬，容易出现裂纹，一般不影响使用，但翘起来的时候就需要修复了。这些晶体的表面经再次磨制后一般都能恢复原状。另外，强酸或强碱的化学腐蚀对 TAP 的损害很大，使用时一定要注意。晶体是仪器内最脆弱的部件，尽量不要用手接触衍射面，如果手或其他东西碰到了晶体的衍射面，手上的汗或其他物质渗到晶体的表面，使晶体表面的晶格间距发生变化，这样就会污染晶体，而 X 射线荧光的衍射主要发生在晶体的表面，因此会造成 2θ 扫描的峰形不光滑。这种故障一时很难消除。
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