因为乙醇（酒精）具有很强的渗透力，能够钻入细菌内部，使菌体蛋白质凝固（化学上叫做变性），造成细菌因失去活性而死亡。
酒精分子有两个末端，一端是憎水的（-C2H5），可以破坏蛋白质内部憎水基团之间的吸引力；一端是亲水的（-0H），但它难以破坏蛋白质外部的亲水基团之间的吸引力。
另一方面，水分子虽然可以松弛蛋白质亲水基团之间的吸引力，但它即使钻进细菌内部，也无法破坏其蛋白质中憎水基团之间的吸引力。
所以，纯酒精或水都不足以使细菌内的蛋白质变性，只有酒精和水共同存在，同时使保持蛋白质几何形状的各种吸引力松弛，蛋白质才会失去生理活性。因此，只有一定浓度的酒精溶液，才能达到良好的消毒杀菌目的。
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