在即将形成孢子之前，子囊内进行核融合和减数分裂，子囊中产生1-8个孢子，或为2的n次方，典型的子囊中有8个孢子 [1] 。此8个孢子是在减数分裂后再通过一次有丝分裂产生，减数分裂使双倍体的细胞核分裂为四个单倍体的细胞核，这四个细胞核再各自有丝分裂形成八核，并为子囊中的分泌物所包覆，因此一个子囊通常有八个子囊孢子，但数目仍有例外，如冬虫夏草的子囊可有多达20-60枚子囊孢子，酵母菌的子囊通常只有1-4枚子囊孢子，块菌的子囊也通常只有四枚子囊孢子。 [2] 形态一般为椭圆形，有的是针状态体或带有隔壁。在表面上可以看到纹、刺、网眼等。不同的特征，其颜色也各种各样：有的无色，有的淡黄色、淡红色、橙色、褐色及黑色等。（例如脉孢菌属、麻孢壳属、Pleurage）。孢子一般在子囊内排成一列，其中半数与其他半数各为不同的性属（例如Neurospora，Gelasinospora，Pleurage）。
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