信号肽位于分泌蛋白的N端。一般由15～30个氨基酸组成。包括三个区：一个带正电的N末端，称为碱性氨基末端；一个中间疏水序列。以中性氨基酸为主，能够形成一段α螺旋结构，它是信号肽的主要功能区；一个较长的带负电荷的C末端，含小分子氨基酸，是信号序列切割位点，也称加工区。当信号肽序列合成后，被信号识别颗粒(SRP)所识别，蛋白质合成暂停或减缓，信号识别颗粒将核糖体携带至内质网上，蛋白质合成重新开始。在信号肽的引导下，新合成的蛋白质进入内质网腔。而信号肽序列则在信号肽酶的作用下被切除。如终止转运序列存在于新生肽链的C端。也可以不被信号肽酶切除。如卵清蛋白含有内部信号肽。它的前体与成熟形式都没有被信号肽酶切除的过程。其N一端氨基酸结构在第9位有带电基团，疏水结构并不明显。
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