花青素广泛存在于开花植物（被子植物）中,其在植物中的含量随品种、季节、气候、成熟度等不同有很大差别。 据初步统计：在27个科,73个属植物中均含花青素,如紫甘薯、葡萄、血橙、红球甘蓝、蓝莓、茄子、樱桃、红莓、草莓、桑葚、山楂、牵牛花等植物的组织中均有一定含量。
最早最丰富的花青素是从红葡萄渣中提取的葡萄皮红色素,它于1879年在意大利上市,该色素可通过葡萄酒酒厂的废料-葡萄渣提取。接骨木浆果（Elderberries）中含大量的花青素,并且都是矢车菊素,每百克鲜重在200~1000 mg。另外,花青素在大麦、高粱、豆科植物等粮食作物中也广泛存在。研究发现,葡萄籽与松树皮的提取物中花青素的含量最高。
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