高危人群（HIV感染人群、尤其是外周血CD4+细胞<200/mm3者；肿瘤、移植患者,以及其他使用免疫移植药治疗的患者）,一旦出现发热、干咳和进行性呼吸困难,低氧血症,影像学表现为双肺弥漫的磨玻璃影时,临床上应该警惕PCP。目前诊断PCP仍然有赖于病原学诊断。由于尚无肺孢子菌的体外培养技术,病原学诊断方法是在呼吸道标本中找到病原体。染色方法包括姬姆染色法、哥氏银染色法、甲苯胺蓝染法等。呼吸道标本包括痰、诱导痰、BALF和各种肺活检标本,以及口腔含淑液（oral wash specimens）。据报道诱导痰的敏感性为74~83%,BALF的敏感性89~98%。
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