Kennedy等人通过 SDS-PAGE法 ,发现钼铁蛋白含有两种亚基 , 已经确定其为异四聚体 (α2 β 2 ),分子量约 220k～ 240kD之间 (因不同来源而异 )。α亚基分子量为 55kD,由 nifD基因编码 , 大小约为 500个氨基酸 ,氨基酸序列的同源性在 47% ～ 66%,具有相当高的保守性。
在已知的 α亚基氨基酸序列中 ,有 5个 Cys残基 (Cys62、Cys88、Cys154、Cys183、Cys275)是绝对保守的 ,可能和钼铁蛋白中金属原子簇的生物合成有关。 nifK基因编码的 β亚基分子量为 60kD, 氨基酸序列与 α亚基比较相似 。 α亚基和 β 亚基之间存在广泛的相互作用 , 它们构成一个近似轴对称的 αβ, 两个αβ 二聚体以近似轴对称的方式交联起来 , 形成了 α2β 2四聚体 。
在钼铁蛋白中含有 M-簇和 P-簇两种金属原子簇 。P-簇是一类独特的 [ 8Fe-7S]的原子簇 , 位于 α和 β 亚基二聚体的界面上 。它能够进行多种氧化还原态的变化, PN经 过 不 同 程度 的 氧 化 为 P1 +、 P2 +、 P3 +及PSUPEROX。这些不同氧化态的 P-簇都具有独特的电子顺磁共振谱 (EPR)特征 , 为研究 P-簇的功能提供了有效的途径 。P-簇是固氮酶反应中电子传递的中间体 ,负责接受和储存来自铁蛋白的 [ 4Fe-4S]簇的电子并将电子传递到 M-簇 。 M-簇位于钼铁蛋白的 α亚基内 , 仅通过 αCys275和 αHis472两个氨基酸残基与蛋白主链相连。它由一个 [ 4Fe-3S]簇和一个 [ 1Mo-3Fe-3S]簇通过 3个 S原子与二者中的 Fe连接而成的Mo1Fe7 S9原子簇 。 FeMoco上连有一个高柠檬酸分子 ,高柠檬酸分子通过 2个 O原子与 Mo连接 。 MoFe蛋白分辨率 1.16 的 X-射线晶体衍射显示 , FeMoco内还存在一个轻的原子 , 它以 6个等同的键连接在 [ 4Fe-3S]簇和 [ 1Mo-3Fe-3S]簇的 3个 Fe原子 ,这个轻的原子可能是 N。
MoFe蛋白在固氮酶催化氮气等底物过程中起催化 、络合作用 。铁蛋白中的 [ 4Fe-4S]簇将电子传递给MoFe蛋白的 P-簇 ,使其还原 , 然后 P-簇再将电子传递给 FeMoco,底物在此接受电子后被还原 。可见 , FeMoco是固氮酶的活性中心 , FeMoco的结构以及其周围多肽环境的变化对固氮酶活性的影响是当前研究固氮催化机制的最活跃领域之一 。
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