当前，国际社会对转基因食品检测技术路线主要有两条：一是对外源基因表达产物蛋白质进行检测；二是直接检测外源基因DNA。随检测手段不断提高，对食品转基因检测已从定性提高到定量水平 。
对外源基因表达产物蛋白质检测常用方法有酶联免疫法（ELISA）、蛋白质印迹法（Westernblot）等，这些检测方法大多基于免疫反应高度特异性。
外源基因 DNA检测主要是以核酸为基础 PCR检测法，用PCR技术和核酸探针杂交检测技术准确快速检测外源基因，其敏感、快速、简便特点是其它检测技术所无法比拟的。而新近发展实时荧光定量PCR技术是集PCR和探针杂交技术优点为一体，可通过探测PCR过程中荧光信号变化，准确定量DNA模板量。其检测灵敏度比常规PCR技术高100倍左右，可检测到每克样品中含 2pg转基因DNA量；且对加工、加工和混合样品都可进行检测。
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