常见的蛋白质鉴定方法有：
一、最简单的方法就是对所要鉴定的物体进行灼烧
二、使用化学药剂进行化学反应来鉴定蛋白质
三、较为精准的方法是使用仪器进行蛋白质鉴定，如质谱仪等
在生物学研究中经常会遇到一些关于蛋白质鉴定的问题，如单一蛋白质或者简单混合物的鉴定；对单一蛋白质的序列分析等。这一类蛋白质鉴定，在精密度上要求较高，所以几乎都是采用质谱仪器，来对蛋白质进行精密鉴定。
质谱技术是鉴定蛋白质的其中一种平台技术。可用到的质谱仪有Thermo Fisher的Q Exactive质谱仪，LTQ Orbitrap Velos质谱仪，以及AB SCIEX的6500 Q TRAP质谱仪。所在鉴定机构的不同，在硬件品牌的使用上也会有不同。
蛋白质鉴定的流程一般分三大步：蛋白质提取、纯化、鉴定。这个流程是一个将蛋白质层层“解剖”的过程，从中我们可以对蛋白分子量进行测定，蛋白胶点、胶条、IP样品蛋白质进行鉴定，非变性质谱分析以及Pull-down靶蛋白质谱鉴定等，较为细致的去分析蛋白质中的各种物质、性质等。
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