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不同mRNA序列的分子大小和碱基排列顺序各不相同,但都具有5ˊ-端非翻译区、开放阅读框架区、和3ˊ-端非翻译区;
真核生物的mRNA的5ˊ-端还有帽子结构、3ˊ-端有长度不一的多聚腺苷酸(polyA)尾。
帽子结构能与帽子结合,在翻译时参与mRNA在核糖体上的定位结合,启动蛋白质生物的合成;
帽子结构和polyA尾的作用还有稳定RNA;
开放阅读框架区与编码蛋白质的基因序列相对应。
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