目前已分离纯化的角蛋白酶的分子量差异较大，从十几kDa到几百kDa不等。较小的为单体酶，有报道来自Nesternkonia spAL-20的角蛋白酶，分子量为18kDa，较大的为复合酶，如嗜热厌氧菌产的角蛋白酶可达200kDa以上。大部分角蛋白酶的分子量集中在30～70kDa之间，如HSIN-HUNG LIN报道的铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）产的角蛋白酶大小为30kDa，嗜麦芽黄单胞菌（Xanthomonas maltophilia）产的角蛋白酶大小为36kDa，近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）的角蛋白酶为60kDa。枯草芽孢杆菌产角蛋白酶的分子量为60kDa 。
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