自1987年推行统一命名方案(nomenclature)以来到1996年，共经过四次修改与增补内容日趋完善。
简而言之，细胞色素P-450超家族依次可分为家族、亚(或次)家族和酶个体3级。一般命名通则如下:细胞色素P-450缩写成CYP(小鼠和果蝇用Cyp)CYP(Cyp)正体表示酶，CYP(Cyp)斜体表示相应的基因。根据酶蛋白一级结构中氨基酸的同源homology程度区分:同源度<40%者则归入不同的家族family，家族用阿拉伯数字表示如cyp1、cyp1。每一家族进一步被区分为亚家族subfamily。在哺乳动物的亚家族中同源性>55%被归入同一亚家族，并用大写英文字母(或小鼠和果蝇用小写英文字母表示)如CYP1A(Cyp1a)。最后在同一亚家族内根据酶被鉴定的先后顺序，用阿拉伯数字编序用于区分不同的酶个体，如CYP1A1(Cyp1a1)。
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