通常有习惯命名和系统命名两种方法。
习惯命名
常根据两个原则:
1.酶的作用底物，如淀粉酶;
2催化反应的类型，如脱氢酶。
也有根据上述两项原则综合命名或加上酶的其它特点，如琥珀酸脱氢酶、碱性磷酸酶等等。
习惯命名较简单，习用较久，但缺乏系统性又不甚合理，以致造成某些酶的名称混乱。如:肠激酶和肌激酶，从字面看，很似来源不同而作用相似的两种酶，实际上它们的作用方式截然不同。又比如:铜硫解酶和乙酰辅酶A转酰基酶实际上是同一种酶，但名称却完全不同。
鉴于上述情况和新发现的酶不断增加，为适应酶学发展的新情况，国际生化协会酶委员会推荐了一套系统的酶命名方案和分类方法，决定每一种酶应有系统名称和习惯名称。同时每一种酶有一个固定编号。
系统命名
酶的系统命名是以酶所催化的整体反应为基础的。
例如一种编号为"3.4.21.4"的胰蛋白酶，
第一个数字"3"表示水解酶;
第二个数字"4"表示它是蛋白酶水解肽键;
第三个数字"21"表示它是丝氨酸蛋白酶，活性位上有一重要的丝氨酸残基;
第四个数字"4"表示它是这一类型中被指认的第四个酶。
规定，每种酶的名称应明确写出底物名称及其催化性质。若酶反应中有两种底物起反应，则这两种底物均需列出，当中用":"分隔开。
例如:谷丙转氨酶(习惯名称)写成系统名时，应将它的两个底物"L-丙氨酸""α-酮戊二酸"同时列出，它所催化的反应性质为转氨基，也需指明，故其名称为"L-丙氨酸:α-酮戊二酸转氨酶"。
由于系统命名一般都很长，使用时不方便，因此叙述时可采用习惯名。
酶类(酵素)类产品是糖和水果进行发酵之后的产物，也就是"水果泡菜"加上"低度甜味水果酒"的混合物。(比如一种青梅全发酵(非浸泡的)的低度果酒)
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