拓扑异构酶I,属于第一型拓朴异构酶。(PDB1a36) 拓朴异构酶II,属于第二型拓扑异构酶。
拓朴异构酶可依据其作用方式,而分为两种类型:
第一型拓朴异构酶(Type I topoisomerase):可将一条DNA双股螺旋完全包覆,并以破坏磷酸双酯键的方式切断其中一股DNA,使其产生一个小缺口,此时另一股完整的DNA将会穿过此缺口,之后通道重新黏合。属于这类型的有拓朴异构酶I(topoisomerase I)与拓朴异构酶III(topoisomerase III)等。
第二型拓朴异构酶(Type II topoisomerase):可将一条DNA双股螺旋上的两股DNA皆切断,产生缺口,使另一条双股螺旋能够穿过此缺口,之后再将通道重新黏合。属于这类型的有拓扑异构酶IIα与拓扑异构酶IIβ等。
两种类型皆可改变DNA的环绕数(linking number)。