根据芋螺毒素作用于生物体内的不同靶位可分为3类:
(1)作用于电压门控离子通道的CTX,电压门控离子通道又称电压敏感性通道,常以通透离子(如Na+,K+,Ca2+等)命名。
(2)作用于配体门控离子通道的CTX,包括烟碱受体、5-HT3受体、NMDA受体。配体门控通道又称化学门控通道或递质依赖性通道,后者按相应的受体命名。
(3)作用于其他受体的CTX,CTX除了作用于离子通道以外,还有以G-蛋白为靶标的,如:芋螺加压素和芋螺惰性素,以及2种磷脂(conodipine M和PLA2),它们基本上不含有二硫键。按其作用的受体靶可将芋螺毒素分为α、ω、μ、δ等多种亚型。