大量研究证实原发性MPGN10年肾存活率达60%～65%，而且各型MPGN病程及预后类似。肾病综合征(大量蛋白尿)和出现肾间质病变是预后不良的主要征兆。临床发现表现为持续性高血压、GFR下降的肾病综合征预后差。发病年龄小和小儿患者预后良好；成年人发病者病变进行性加重，预后不良。肾小球系膜细胞增生、基底膜增厚与预后无明显关系，而局灶性新月体形成的多少与预后明显相关，间质改变的轻重程度与预后明显相关，新月体形成及严重的肾小管间质病变预后差。约50%表现为肾病综合征的病人10年内发展为ESRF，50%病人肾病综合征持续数年后消失，肾功能正常。肾移植后，本病可再发，但小于10%病人导致移植肾丧失。接受糖皮质激素药物、免疫抑制药及抗凝药物等联合治疗者，肾功能可保持稳定或得到较好改善。本病进入终末期肾病的个体差异比较大，Ⅰ型患者通常1/3可以自发缓解，1/3呈进行性发展，还有1/3疾病迁延进展缓慢，但一直不能完全缓解。文献资料中提示原发性Ⅰ型病变的预后不良因素有：高血压，肾功能损害，肾病综合征范围的蛋白尿形成，肾活检时发现细胞性新月体，合并动脉病变，有肾小管及间质的损害。英国的Cameron发现Ⅰ型有肾病综合征范围的蛋白尿者10年的生存率为40%，而非肾综范围蛋白尿患者的10年生存率为85%；但另有研究认为二者预后没有差别，血尿甚至肉眼血尿对预后都无影响，年龄和性别也都不影响本病预后。Ⅱ型较Ⅰ型的预后差，这可能是由于Ⅱ型为致密物沉积疾病，肾活检常会发现新月体和小管间质病变。Ⅱ型很少发生临床缓解，儿童患者的临床缓解率不足5%。患者通常在病程的第8～12年进入肾功能衰竭。Ⅱ型患者在做肾移植以后常常会复发，尤其是肾移植前活检就发现有新月体改变的患者。Ⅰ型在肾移植后也可能出现再发，但是没有Ⅱ型频繁。
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