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实现聚丙烯酰胺凝胶电泳有两种类型。
⑴单向电泳：采用完整的蛋白质或用十二烷基硫酸钠(SDS）处理的蛋白质的单向泳动，在有凝胶的平板上平行分离（过去也有用在玻管中的圆筒形棒状凝胶进行电泳的，现已很少有人使用）。
⑵双向电泳：首先用天然蛋白质进行分离，然后凝胶平板再用SDS处理，样品便在第二向得到分离。第一次分离了各种各样的蛋白质，因此第二向分离的是蛋白质亚基。
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