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乙二胺四乙酸与其盐与强氧化剂、强碱和高价金属离子如铜、镍和铜合金配伍禁忌。
乙二胺四乙酸或其二钠盐显弱酸性，能与碳酸盐反应放出二氧化碳和与金属反应生成氢气。
其它配伍禁忌，如乙二胺四乙酸和乙二胺四乙酸二钠与锌的螯合可使胰岛素失效；用乙二胺四乙酸二钠作为稳定剂的葡萄糖酸钙注射剂与肠道外营养液混合时，肠道外营养液中的微量金属将被螯合；在输液中乙二胺四乙酸二钠与两性霉素和盐酸肼苯哒嗪有配伍禁忌。
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