有3种类型的抗体可用于免疫沉淀：多克隆抗体，混合单克隆抗体和单克隆抗体。
多克隆抗体 | 混合单克隆抗体 | 单克隆抗体 |
反应强度极好 | 抗体依赖性（极差到极好）极好 | |
特异性一般良好（有时本底高） | 极好，但有些出现交叉反应 | 极好，避免使用有交叉反应的抗体 |
优点稳定，多价反应特异 | 供应不受限制稳定，多价反应特异 | 供应不受限制 |
缺点本底不易清除 | 需对抗原有高亲和力 | 供应不普遍 |
多抗的本底较高，可通过滴定产生免疫沉淀所需的抗血清量，来有效地清除某些非特异性本底。其方法是将特异性抗体降低到能定量结合抗原的最低滴度，使本底保持最低。
免疫沉淀要求抗原的纯度尽可能提高。降低本底，用不与待检抗原结合的非特异性抗体预处理，可以从抗原溶液中除去非特异性结合蛋白，即此法第一次是用非免疫抗体降低本底，第二次再用所研究的抗体，这样进行二次免疫沉淀是达到纯化免疫沉淀物最有效的方法。
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