分子标记(Molecular Genetic Markers)是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是 DNA 水平遗传多态性的直接的反映。
与其他几种遗传标记——形态标记、同工酶标记、细胞标记相比，DNA 分子标记具有的优越性有：大多数分子标记为共显性，对隐性的农艺性状的选择十分便利；基因组变异极其丰富，分子标记的数量几乎是无限的；
在生物发育的不同阶段，不同组织的 DNA 都可用于标记分析；
分子标记揭示来自 DNA 的变异；
表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁；检测手段简单、迅速。
随着分子生物学技术的发展，现在DNA分子标记技术已有数十种，广泛应用于作物遗传育种、基因组作图、基因定位、植物亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。
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