目前检测肠道病毒之方式除了传统的病毒培养鉴定法外，国内已有生物科技公司利用生物芯片（Biochip）技术研发出“肠道病毒鉴定芯片”（EV typing chip），可快速检测出肠病毒之型别，不致延误病患就诊治疗的首要时机。因肠道病毒感染易引起并发症，且往往在一星期内即转成重症，所以若能提早确知所感染的病毒类型，即可掌握对症治疗的第一时间。肠道病毒鉴定芯片主要是针对并发症较严重之EV 71、Cox A15、Cox A16及Cox B3等几型肠道病毒所设计出的生物芯片，利用肠道病毒鉴定芯片的特定基因序列来鉴别肠道病毒鉴定芯片的类型。其检验程序是先萃取出检体（包括血清、咽喉拭子或培养过的病毒液）中肠病毒之RNA，经反转录（Reverse Transcription；RT）成核酸（cDNA），再利用聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction；PCR）放大特定之核酸片段后，进行核酸杂交反应（Hybridization），之后再利用生化方法呈色，依据肠病毒鉴定芯片上不同的显色型态即可得知肠道病毒的类型。
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