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常用的是凝胶过滤层析脱盐，利用具有网状结构的凝胶的分子筛作用，根据被分离物质的分子大小不同来进行分离。
蛋白质溶液中盐分子和蛋白质分子大小相差较大，盐分子较小，会随着层析流动相进入孔径较小的固定相，在层析中迁移速率小，而蛋白质分子尺寸较大，不能随流动相进入固定相，迁移速率大，首先从层析术中流出，实现脱盐。
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