含两个以上磷酸基的核苷酸。只带一个磷酸基的核苷酸，叫核苷一磷酸，带两个磷酸基的核苷酸叫核苷二磷酸，依此类推。
如腺嘌呤核苷酸有腺苷一磷酸（即腺苷酸，AMP）、腺苷二磷酸（ADP）、腺苷三磷酸（ATP）和脱氧腺苷一磷酸（即脱氧腺苷酸，dAMP）、脱氧腺苷二磷酸（dADP）、脱氧腺苷三磷酸（dATP）。
天然的核苷多磷酸中，磷酸基多是与戊糖的5′-羟基相连。4 种核苷三磷酸（ATP、GTP、CTP和UTP）、4 种脱氧核苷三磷酸（dATP、dGTP、dCTP和dTTP）分别是RNA和DNA生物合成的原料。
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