胃肠道组织，几乎处在半封闭状态，氧气供应不好，所以厌氧菌容易生长。首都医科大学附属北京友谊医院普外科张忠涛主任说，肠蠕动使绝大多数细菌被送入下段肠道，因此，末端回肠及结肠细菌含量高，且99.9%为厌氧菌。
做直肠、结肠手术时，容易发生肠管破裂，或者需要手术切断，所以其内的厌氧菌可以进入腹腔。为了防止感染，此类手术前一般口服一天甲硝唑类药物预防感染，手术后还要继续静点三天。
对于已被污染的手术操作，例如各种肠管破裂的急诊手术，肠管内的厌氧菌感染腹腔的可能性极大，因此在手术中，可以将甲硝唑液体倒入腹腔，进行浸泡和冲洗。
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