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接头DNA常用于一钝性末端DNA与一粘性末端DNA的连接,提供酶切位点,其酶切位点产生的粘性末端与待连接的粘性末端匹配。有时连接到粘性末端的接头DNA是为了给未知DNA片段提供一段已知的序列,根据其设计引物,扩增未知的DNA片段。