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DNA拓扑学的相关参数

2022.11.30
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zhaoqisun

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1.连环数(Linking number):在双螺旋DNA中,一条链以右手螺旋绕另一条链缠绕的次数,以L 表示(或以α表示),其计数方法为处于松弛环形DNA时的螺旋周数,肯定为整数,右手螺旋为正、左手螺旋为负。

2.缠绕数(Twisting number):即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周数,以T 表示(或以β表示),其数值可直接在处于最稳定状态下的双链环形(或超螺旋形式)DNA中的实际螺旋周数计数得到,不一定是整数,右手螺旋为正,左手螺旋为负。但必须注意T仅针对于形成双螺旋区域而言,解链部分的bp数就不涉及T的计算。对于一定长度的DNA双链,一旦出现解链T值就减少。如260bp B-DNA双链自然状态下T=25,解链20%时的T=20 。

3.超螺旋数 或 纽数(Writhing number):其数值有公式L=T+W 计算得到,以W表示(或以τ表示),不一定为整数。左手超螺旋为正,右手超螺旋为负(此点解释见后)。

4.比连环差:为双链DNA的超螺旋密度。用σ表示,由公式σ =( L - L0 )/L0 得到。


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