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真核生物的RNA被翻译之前需要通过核孔输出，因此核输出对基因表达有着显著影响。所有进出细胞核的mRNA的运输都是通过核孔进行的，受到各种输入蛋白和输出蛋白的控制。
携带遗传密码的mRNA需要存活足够长的时间才能被翻译，因为mRNA在翻译之前必须经过很长距离的运输。在典型的细胞中，RNA分子仅在特异性保护的条件下才是稳定的，不被RNA酶降解。 RNA降解对真核细胞基因表达调控特别重要。在真核生物中，RNA通过某些转录后修饰，特别是5端戴帽和3端多腺苷酸化而获得稳定。
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