BNP广泛分布于脑、脊髓、心肺等组织，其中以心脏含量最高。脑内以延髓含量最高，中枢神经系统的BNP含量高于ANP，脑与脊髓内BNP含量约较ANP含量高13倍。心脏内BNP主要存在于左、右心房，其中右心房含量为左心房3倍多，心室的BNP含量约不足心房的1/20，心室BNP含量少是因为BNP前体并不储存在心室中，只有当室壁张力升高时才迅速刺激BNP基因高表达，大量合成BNP分泌入血，换句话说，BNP在心室肌内储存极少。在房间隔、房室瓣、主动脉、肝动脉与肺静脉壁内亦含有少量BNP。
利钠肽系统共有A、B、C三型受体，均为跨膜受体，BNP的清除主要通过两条途径：
第一：通过C受体介导将BNP内吞入胞内，再由溶酶体酶降解；
第二：由中性肽链内切酶对BNP降解，此酶在肺脏及肾脏中浓度较高。ANP较BNP对中性肽链内切酶的亲和力要大的多，但第二种途径仍为BNP代谢的主要途径，再由于C受体对ANP的亲和力亦高于BNP，这样造成BNP的生物半衰期（20分钟）长于ANP（约3分钟）。
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