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目前对体内番茄红素的代谢产物还了解甚少，仅在人的血清、皮肤及乳汁中检测到2种氧化代谢物，即5,6-二羟基-5,6二氢番茄红素及1,5-二羟基-2,6-环氧番茄红素。
据推测番茄红素可能首先氧化生成环氧化物，然后再被还原，生成5,6-二羟基-5,6-二氢番茄红素。未被吸收的番茄红素主要通过粪便排泄，分布在皮肤中的部分可因表皮的角化、脱落而丢失。
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