现代医学认为甲状腺功能减退症可以由甲状腺，垂体、下丘脑的功能异常引起。地方性甲状腺肿是因为饮食中碘不足引起的甲状腺功能减退。甲状腺肿是甲状腺的增生肥大。因为碘缺乏，甲状腺细胞过度激活增生以便从血液中吸取更多的碘，最后导致甲状腺增大。母体在妊娠期患自身免疫性甲状腺疾病，致甲腺发育不良或甲状腺激素合成障碍也都可导致新生儿甲减的发生。成人甲减最常见原发于甲状腺本身的损害，主要是由自身免疫性甲状腺炎（又称桥本氏病）的后期发展结果所致，是40岁以上女性较多患成人甲减病因。其次因甲亢进行甲状腺手术或放射性核素治疗引起的甲减，偶尔见于甲状腺痛颈部放射性治疗后，急性甲状腺炎等，除甲状腺本身疾病外，少数可因垂体或下丘脑病变引起甲状腺激素合成分泌障碍而发生甲减。
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