以下列举电镜常见的应用（截至1984年），其在对外贸易和军事等其他领域也有其用武之地 。
物理学
分子和原子形态的研究；晶体薄膜位错和层错的研究；表面物理现象的研究等 。
化学
高分子结构和性能方面的研究；一些有机复合材料的结构形态和添加剂的研究；催化剂的研究：各种无机物质性能、结构、杂质含盘的研究；甚至对一些化学反应过程的研究等 。
生物学
在分子生物学、分子遗传学及遗传工程方面的研究；昆虫分类的研究：人工合成蛋白质方面的研究以及对各种细菌；病毒、噬菌体等微生物的研究 。
医药卫生
癌症发病机理的研究及早期诊断；药理及病理学方面的研究；计划生育和节育药物的研究；对病毒及干扰素方面的研究以及临床诊断等。
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