Northern杂交的总体过程与Southern杂交相似，只不过在印迹（Blotting）过程中转移的是RNA而不是DNA，这种将RNA样品从凝胶转移滤膜的方法，其设计者为之起了一个与Southern：blotting对应的名称Northern：blotting。
其分子杂交过程与Southern分子杂交方式是相同的。Northern杂交主要用来检测细胞或组织样品中是否存在与探针同源的mRNA分子，从而判断在转录水平上某基因是否表达，在有合适对照的情况下，通过杂交信号的强弱可比较基因表达的强弱。
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