①心脏移植后诊断及观察排异反应，指导治疗。
②诊断心肌炎症，观察及指导治疗。
③辅助诊断某些原发性心肌病，例如肥厚型、充血型心肌病、克山病等。
④确定某些继发性心肌病的诊断，例如心脏结节病、淀粉样变、血色病、糖原贮积病等。
⑤辅助诊断放射治疗、阿霉素（抗癌药）治疗所致的心肌病变。
⑥诊断心内膜纤维化。
⑦鉴别限制型心肌病和缩窄性心包炎。由于上述各种心内膜、心肌疾病的临床表现酷似缩窄性心包炎，心内膜活检可达鉴别诊断目的。
此外，心肌活检用于心肌的生物化学、免疫学等特殊研究，也有助于阐明某些心脏病的病因。
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