目前转基因成分的检测方法主要有ELISA（酶联免疫吸附法）和侧向流动免疫测定法、普通聚合酶链式反应（PCR）的优缺点、实时荧光定量PCR（qPCR）、恒温荧光PCR检测方法等。
ELISA（酶联免疫吸附法）
ELISA具备了酶反应的高灵敏度和抗原抗体反应的特异性，具有简便、快速、费用低等特点，但易出现本底过高的问题，且只能检测目的蛋白抗原性没有明显变化的粗加工产品。直接法和双抗夹心法都要制备特异的酶标抗体，制备方法较繁琐，且一种酶标抗体只能检测一种蛋白，而适用于间接法的酶标抗抗体已有商品出售。一种转基因蛋白的检测试剂盒是否能在表达相同外源蛋白的不同植物之间通用还要进行试验。
侧向流动免疫测定法：
“侧流”型免疫测定是最近15年发展起来的，该方法之前主要用于医学领域。与ELISA相似，这种测定方法也是基于三明治夹心式技术原理，但该方法是在一种固相支持物上而不是在管子里进行，标记的抗原-抗体复合物侧向迁移，直至遇到在一种固定表面上的抗体。目前市场上已出现了用于侧向流动免疫测定并能用于野外测试的试剂盒。与DNA为基础的检测方法相比，该方法的样品处理简单。由于目标蛋白一般是水溶的且抗体具有高度专一性，因此检测样品仅需要初步处理便能达到测试的要求，具有快速、简便、适合野外操作等优点。侧向流动免疫测定试纸条是一种很快速简便的定性检测方法，将试纸条放在待测样品抽提物中，5～10分钟就可得出结果，不需要特殊仪器和熟练技能。但一种试纸条只能检测一种蛋白质，且只能检测有无存在外源蛋白而不能区分具体的转基因品种。侧向流动免疫测定方法是定性或是半定量。按照合适的采样步骤，可以在给定的一批样品中以99%的置信水平检测出少于0.15%的转基因成分。
普通聚合酶链式反应（PCR）的优缺点
优点：
1)准确度较高
2)灵敏度高
3)价格低
缺点：
1)操作复杂需要一定的专业背景
2)电泳时使用的染料对人体有一定危害
3)只能检测一个指标
实时荧光定量PCR（qPCR）的优缺点
优点
1)灵敏度高
2)准确度高
3)高通量
4)可以实现实时监控
5)可以实现定量判断
缺点
1)价格高昂
2)操作复杂
3)配套产品少
4)维护费用高
恒温荧光PCR检测方法：
恒温PCR技术的特点可以概括为比PCR更准确、快速、易于实现。因实现恒温扩增，特殊的引物设计，使得检测更准确；无变性、退火等环节，全过程均在进行DNA片段的复制，没有时间损耗，使检测更快速；无热循环需求，设备简单，更易于推广应用。为PCR技术推广应用创造了全新的空间。目前主流的实时恒温荧光PCR仪有广州迪澳生物Deou—308C恒温荧光检测仪、3M Molecular Detection System、Optigene Genie II 和 Genie III、Qiagen TuberScaner II、Envirologix DNAble等。
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